卵巢囊肿在做手术治疗的时候，所需要的时间因人而异。如果是普通的卵巢囊肿，与周围组织没有明显的粘液，在手术的过程中不需要分离粘连带、没有明显的出血，手术的过程就比较快，一般在一个小时左右就可以结束手术。如果是巧克力囊肿，那么以周围组织粘连比较明显，术中需要分离黏连带，并且出血比较多，手术的时间就会明显延长。