患有卵巢囊肿的情况下如何处理，需要根据囊肿的性质、大小及患者的年龄选择合适的方法。如果患者患有卵巢囊肿，并且因此而影响了月经，导致长时间都不来月经的话，一般都见于比较大的囊肿或者功能性囊肿，这种情况就需要考虑及时手术切除病灶。具体的处理方法应当谨遵医嘱。