女性在患有巧克力囊肿的时候直径在5厘米以上是比较严重的。导致巧克力囊肿，多数是由于子宫内膜异位到卵巢的部位而引起的，在月经期间会导致卵巢部位的内膜剥脱，就会出现有痛经的情况发生。即便是卵巢的囊肿不大，但是女性痛经比较严重或者是出现了囊肿、扭转、破裂的情况，也需要及时的手术进行治疗。