怀孕39天多数可以去做药物流产，但是在做药物流产的时候必须做B超进行检查，妊娠囊的发育直径在1.0厘米左右是比较合适的，多数也会流干净的。如果是在B超下没有发现宫腔内妊娠囊或者有服药禁忌症的情况下就不可以做药物流产的，以免出现意外的情况发生。