药物流产后孕囊流出的时间是在服用最后一次药物后的2~6小时以内，出血彻底干净的时间是在孕囊流出后的7~10天左右。药物流产一般只能在怀孕49天之内进行，要想做药物流产的话，就要及时到医院就诊，检查清楚怀孕的具体天数后遵医嘱正确服药。