如果想彻底的治疗巧克力囊肿，最好是在医生的指导下按疗程，按时用药会比较好，只有坚持按时用药，才可以起到治疗的效果。用药之后有可能会出现短暂的停经或者月经失调的现象，不用担心，过一段时间到医院做彩超检查，判断囊肿是否变小或者消失，持续性有巧克力囊肿对身体的影响比较大。