可能与经血逆流和内膜种植有关，也可能是因为化生内膜和良性转移导致的，但也不排除免疫防御功能缺陷和遗传的因素。一般患有内异症的时候容易表现出痛经和性交痛的症状，也有可能会引起月经周期提前和延后，甚至还会导致女性出现不排卵和不孕的症状，少数的女性还会出现周期性的尿频和尿痛。