会影响怀孕，巧克力囊肿如果直径达到三厘米或者是超过了三厘米，就要到医院通过手术来清除。巧克力囊肿经过治疗以后是可以正常怀孕，巧克力囊肿主要是异位子宫内膜，在卵巢内生长逐渐形成囊肿，可能是遗传造成，会导致患者出现痛经或者是月经异常以及不孕等症状。治疗需要到医院进行血清测定以及超声检查和抗子宫内膜抗体。