停经伴随肚子痛，很可能是腹部着凉或者妇科炎症的感染引起，比如有内膜炎、附件炎或者宫颈炎等都会导致肚子痛不适的现象。月经已经干净了三天，疼痛感还没有消失，应该及时到医院做彩超、妇科常规等相关的检查，判断是否有大的问题，然后有针对性的用药会比较合适，注意预防病情的加重。