巧克力囊肿的患者做了手术以后怀孕的几率，与手术时的具体方式有关。如果单纯的摘除卵巢囊肿，卵巢、输卵管、子宫等结构都完整的保留，那么在术后配合适当的药物治疗，通常都是可以成功受用孕的，几率相对比较高。如果在手术的时候切除了病变的输卵管、卵巢，那么受孕的几率会明显的降低。