治疗巧克力囊肿，一般是在来月经的第5天开始服用，每天服用一次，连续服用21天，有利于起到调整月经周期，使月经血量减少，同时也可以缓解月经期间出现的疼痛情况，使巧克力囊肿缩小的。发生巧克力囊肿的时候就会导致女性在经期出现有下腹疼痛的情况，小的囊肿可以先暂时观察；大的囊肿需要给予手术切除的。