短效避孕药的危害主要是对血脂，血糖，血压的影响，长时间服用短效避孕药容易患高脂血症，血糖代谢异常和高血压。另外，短效避孕药还会对肝功能造成一定的影响，患者有可能出现转氨酶升高的表现。长期服用短效避孕药，也有可能影响内分泌系统的功能，出现月经血过少。不过，在已经发生了性行为后服用短效避孕药，并不能起到避孕的效果。