吃短效避孕药有褐色分泌物可能是药物的不良反应造成的，也可以继续服用，褐色的分泌物可能会逐渐消失，如果服用药物以后，没有出现消失的情况，可以在医生指导下通过止血类的药物治疗。通常患有高血压或者血栓倾向类的疾病，还有子宫肌瘤类的疾病，一般是不可以吃短效避孕药的，避免对身体造成伤害。