畸胎瘤中包含有毛发、牙齿、骨骼和油脂，卵巢囊肿是指卵巢出现囊样的肿块，两者有明显的区别.影像学很容易将巧克力囊肿（子宫内膜异位）和畸胎瘤混淆，有些巧囊从影像学的角度看与畸胎瘤有相似的地方。卵巢囊肿中也有良性和恶性之分，其中就包括有畸胎瘤。