当女性在患有巧克力囊肿的时候，一般会导致痛经的情况，可以给予解痉的药物进行缓解痛经，但是巧克力囊肿是不能够通过服用药物而消失的。巧克力囊肿是在卵巢部位比较多见，小的囊肿女性并且痛经不厉害，可以先暂时观察；若囊肿较大、生长过快，则是需要通过手术进行切除才能够治愈的。