卵巢囊肿的治疗方式有保守治疗和手术治疗，具体治疗方法的选择需要根据囊肿的具体性质、大小、患者的年龄、生育要求等综合选择。患者长时间不来月经，并且患有卵巢囊肿，如果囊肿体积较大或者是囊中有内分泌功能，应该考虑手术切除病灶。如果囊肿比较小，而且排除了囊肿对月经的影响，一般都建议先观察。具体治疗措施谨遵医嘱。