绝经以后卵巢囊肿有些能自己消失，有些不能自动消失。卵巢囊肿的性质因人而异，如果是子宫内膜发生移位后引起的巧克力囊肿，在绝经以后雌激素水平迅速下降，异位的子宫内膜不再发生增生和剥脱，卵巢囊肿就会自动消失。如果是慢性炎症引起的输卵管卵巢囊肿，并不会因为绝经而自动消失。