女性在怀孕三个月是不能够做无痛人工流产手术的。做无痛人工流产手术一般是在怀孕两个月以内，这时候在怀孕三个月，胎儿已经发育成型，需要去医院住院，然后给予在宫腔内注入引产的药物，再进行钳刮手术治疗是比较好的。因此当女性在怀孕三个月出现有胎儿发育畸形的情况，一定要在医生的指导下，选择合适的手术方式治疗。