三个月没有来月经的危害，主要取决于引起不来月经的原因：1、如果是因为卵巢功能早衰引起的不来月经，不及时进行处理就会导致更年期提前来潮。2、如果是因为严重的贫血引起的长时间不来月经，时间久了有可能因为贫血引起其他并发症。