是会影响效果的，女性在来例假的时候不可以注射九价疫苗，主要是因为在来例假的时候机体免疫力比较低下，可能会出现不良反应，并且还会造成阴道不规则出血现象。另外在哺乳期间和怀孕期间也是不可以打九价疫苗的，否则会造成胚胎停止发育，并且会影响到胎儿的正常生长和发育。