药物流产以后咖啡色分泌物一直不干净，这种情况必须尽快到医院就诊，通过做超声检查及分泌物化验检查、血常规化验检查，确定引起这种症状的原因。如果是因为宫腔内有较多的残留物导致的，就需要考虑服用药物或者是通过清宫手术的方式清除残留物；如果是感染引起的，需要使用药物抗感染治疗。