安全套不能防止的疾病，就是一些非感染性疾病。安全套既是一种病愈的工具，也是一种防治性传播疾病传染的工具。很多的感染性疾病都有可能通过性生活的途径传染，比如艾滋病、梅毒、滴虫感染、白色念珠菌感染、尖锐湿疣等，可以通过使用避孕套进行预防。女性生殖系统所患的非感染性疾病，比如子宫肌瘤、子宫内膜癌等，就不是使用避孕套可以预防的。