怀孕45天的时候，阴道内流出褐色的分泌物，一般都是宫腔内有陈旧性出血的表现。引起宫腔内陈旧性出血的原因，可能与卵巢的妊娠黄体功能不取，体内的孕激素水平不足，导致妊娠囊与子宫腔壁发生剥离有关。另外，也可能是受精卵的染色体异常，导致胚胎发育异常所致。患者需要到医院的产科就诊，做超声检查和HCG、孕酮化验等，进一步确定具体原因。