打黄体酮两个月后肚子疼痛应该及时的就医，观察是否有宫腔内的病变引起了异常的腹痛。一般使用黄体酮后并没有明显的副作用，主要可以起到催经、保胎的功效。用药之后2个月才腹痛应该和用药功效不大。但是注意调整用药的剂量，观察经期的变化。如果有月经紊乱的现象，可以调整催经的方案。