巧克力囊肿会影响经期，如果囊肿逐渐增大容易导致女性出现腹部的疼痛，或者有不规律出血等现象，严重的情况下会影响生育的能力。到医院做检查发现有痛经或者囊肿后，可以尽快安排治疗的方案，一般通过保守药物治疗或者微创手术的效果会比较好。但是手术之后也不能完全排除病情反复的可能。