药流49天的计算方法，是以女性最后一次来月经第一天的时间进行推算，也要注意妊娠囊的发育，必须在两厘米以下，这时候才能够使药物流产最大程度的掉下来。如果是存有停经天数在49天以内，妊娠囊发育达到2.0厘米以上，也有可能会导致有药流失败或者是流产不全的情况发生。