甲硝唑凝胶在妇科疾病中的应用方法是：1、使用专用的妇科洗涤剂将阴道和外阴清洗干净。2、采取合适的体位（一般都是膀胱截石位或者是骑跨位），将进行了消毒处理的甲硝唑凝胶管伸入到阴道深处，挤出适量的凝胶涂抹在病变的部位即可。3、如果是外阴部位的炎症性疾病，清洗干净后直接涂抹即可。