女性在怀孕后存在双侧巧克力囊肿，也就是双侧子宫内膜异位症的情况，这时候女性在怀孕后月经也会停止，会导致巧克力囊肿缩小的，若没有身体不适的情况，一般不会影响胎儿的发育。如果是导致了双侧巧克力囊肿出现了扭转，破裂，大出血的情况，只能是通过手术治疗。