可以在医生指导下通过口服活血化瘀的药物来进行治疗，并且还需要配合消炎和镇痛的药物来缓解症状，能够控制炎症感染也能促进囊肿消退。对于囊肿比较大的，就需要通过腹腔镜手术来进行治疗，主要是进行囊肿剥除术，尽量避免对卵巢造成影响。巧克力卵巢囊肿会使患者出现下腹部疼痛和月经周期紊乱。