巴氏腺囊肿的治疗一般都是手术治疗为主，如果囊肿体积不大，但是伴发了急性感染，也可以考虑使用抗菌药物抗感染治疗。肢体治疗方式的选择，应当根据患者的实际病情而定。患者被检查出来患巴氏腺囊肿，如果囊肿不大、也没有明显症状，可以先不用治疗。如果囊肿比较大，但是没有明显的感染迹象，可以考虑手术切除。