怀孕39天时是可以做人流手术的。人流手术在怀孕的35天到60天左右都是适合的，此时孕囊较小，手术的时间较短，并且术后患者会更快的恢复，同时对宫颈所造成的损伤也会降低。建议患者去正规医院进行检查，确定接受手术后，可以选择超导可视无痛人流，也可以选择微管可视无痛人流，这两种方式都是较为安全的。