一般在手术三个月后可以怀孕。巧克力囊肿大多数是卵巢子宫内膜异位症而引起的，在手术后需要2到3个月的时间恢复，因此最好在三个月后再备孕，以免巧克力囊肿影响输卵管功能以及卵巢功能，从而影响到怀孕。若患者合并有子宫肌症以及盆腔子宫内膜移位症，在术后需要使用药物抑制排卵。