月经长时间不干净，需要根据引起月经不干净的具体原因采取药物治疗或者是手术治疗。如果患者是因为在月经期间同房、跑步、饮酒等因素引起的月经不干净，可以服用妇科止血灵片等药物对症处理。如果是因为子宫内膜过厚引起的月经不干净，需要考虑清宫手术。具体情况还是应当到医院就诊，遵医嘱进行治疗。