通常能自然怀孕，巧克力囊肿不会导致患者的排卵功能出现异常，一般情况下可以自然受孕。巧克力囊肿可能是患者的激素水平出现了改变，从而诱发在来月经的时候引起女性出现痛经的现象，甚至还会伴随着月经淋漓不尽，在备孕期间应该到医院进行阴超检查来查看排卵情况，在排卵期的时候进行性生活，能够提高受孕几率。