巧克力囊肿的患者可以怀孕，但是由于巧克力囊肿的异位病灶对卵巢的破坏比较大，影响到卵巢的排卵，所以患者受孕比较困难。如果患者的症状比较轻微，有自然受孕的几率，一定要及早的受孕。如果试孕半年以上不能够正常的受孕，患者要根据彩超、CT以及妇科检查等各种情况，在排除其他原因导致的不能怀孕的情况下，选择进行手术或者药物治疗。