单侧巧克力囊肿怀孕的几率一般是在50%左右。正常情况下女性在月经周期中，多数是左右两个卵巢轮流排卵，上个月是这次侧卵巢排卵，下月就是对侧的卵巢排卵，若是没有发生囊肿的一侧卵巢能够正常的排卵，当女性监测到排卵期后，及时的发生性生活，使卵子和精子结合，女性怀孕的几率就会增大的。