可通过药物和手术的方法来进行治疗。需要根据巧囊的大小程度选择合适的治疗方式，对于病灶比较小的，可以通过口服活血化瘀和消炎镇痛的药物来进行治疗，对于巧克力囊肿比较大的，或者引起了经期痛经以及阴道不规则流血等症状的，就需要通过手术的方法将囊肿切除掉。在手术之后要卧床休息一段时间，尽量避免过度劳累和剧烈运动。