生理性囊肿主要指的是女性的卵巢囊肿。确定是否为生理性囊肿，主要根据囊肿的大小以及伴随着的症状。卵巢上出现体积不足3.0厘米的囊肿，并且没有疼痛的症状，就考虑是生理性的囊肿，持续存在的时间一般不超过三个月。如果患者的卵巢上检查出来囊肿并且腹痛症状明显，就不再认为是生理性囊肿，而是由于各种疾病引起的，比如子宫内膜异位。