区别是检查的病情不同。生殖内分泌科属于内分泌的一种，主要是用于检查生殖方面内分泌物情况，通过性激素6项鉴定，能够了解内分泌类的疾病，也可以检查出内分泌激素紊乱。妇科主要是针对生殖道进行常规检查，能够确诊妇科炎症和腹腔内器质性病变，也可以检测女性的卵巢情况和不受孕症状。