肚脐眼深陷的原因主要包括：1、脐炎引起的肚脐眼深陷。主要是由于肚脐眼周围的组织充血，水肿，隆起，从而使肚脐眼看起来陷入比较深。2、体型过于肥胖。肚脐眼周围的皮下组织中脂肪沉积过多，从而导致的肚脐眼深陷。3、先天发育异常引起的肚脐眼深陷。具体的原因，可以到普外科检查确诊。