怀孕40天的时候B超检查，看不到孕囊，可以先观察。导致这种现象的原因，可能是胚胎发育有问题，也可能是孕妇的月经周期比较长，或者月经周期紊乱，受精卵形成和着床发育的时间比较晚。可以在一周以后重新做超声检查，观察是否有孕囊形成。同时，检查胎心搏动情况和胎芽发育情况是否正常。