巧克力囊肿安排在女性的月经干净之后治疗是最佳的时间。先看一下经期是否受到了影响，然后遵医嘱检查看一下巧克力囊肿的大小。如果会诱发持续的疼痛，说明并发症还是比较严重的，必要时应该考虑安排手术进行治疗，一般都是进行微创手术，手术之后身体和伤口都能够很快的修复正常。