原发性痛经和继发性痛经的区别在于二者之间的原因不同。原发性痛经的疾病原因不是很清楚，继发性痛经有可能是妇科炎症感染性疾病也有可能是子宫内膜异位症。二者之间在选择用药上也有很大的不同，原发性痛经主要是积极使用止痛的药物缓解症状，而继发性痛经则需要找到引起痛经的原因，并且积极治疗原发疾病。