药物治疗首先要改变阴道的环境，可以用一些酸性的洗剂：乳酸、高锰酸钾溶液冲洗。局部用甲硝唑栓。一定要联合全身用药，因为毛滴虫可以感染邻近的尿道，前庭大腺等等。口服灭滴灵，同时性伴侣也要一起治疗。