巧克力囊肿做腹腔镜手术一般是不痛苦的，因为在手术的过程中是会进行麻醉的，所以女性基本上不会有不适感的。如果巧克力囊肿逐渐的增大，甚至会有性交痛等并发症，建议尽快的做治疗，否则对女性的生活影响是特别大的，一般通过微创手术治疗比较彻底，手术之后也可以联合药物治疗，预防病情反复。