巧克力囊肿反复的发作，建议可以通过微创手术的方式进行治疗，一般在手术之后出现复发的几率是特别低的。如果平时总是有痛经或者经期异常的情况，对正常的生活和生育都是有一定影响的，所以根据自己病情的严重程度，选择更加合适的治疗方案会更好，如果做手术治疗，手术之后还需要联合药物治疗预防病情复发。