怀孕三个月的时候，小腹部有轻微的疼痛症状，可能因为子宫增大的时候牵扯到了两边的韧带，并且对盆腔产生刺激作用而引起生理性腹痛。也可能因为子宫不规律收缩引起的腹痛，或者是由于盆腔炎、卵巢囊肿、各种肠道疾病等引起的腹痛。要想确定具体的原因，还需要到医院就诊进行超声检查、大便常规化验检查等，明确诊断。