怀孕40多天可以查胎儿的父亲。这个孕周应该是抽取少量的绒毛组织，做胎儿的染色体检查以及亲子鉴定，但是做这个操作会有一定的几率导致流产，所以要慎重考虑，权衡利弊之后再做。另外也可以等到孕中期，4个月之后，做羊水穿刺，取胎儿的脱落细胞做亲子鉴定，这个风险不大，准确率也很高。