两者都属于抗厌氧菌药物，两者的主要区别在于，甲硝唑属于第一代抗厌氧菌药，奥硝唑属于第三代抗厌氧菌药物，甲硝唑的胃肠道反应，恶心、呕吐要重一点，奥硝唑副作用相对要少，治疗效果强于甲硝唑，用于治疗慢性盆腔炎，子宫内膜炎，相比之下，奥硝唑具有更明显的抗感染优势，它的疗效时间持续比较长，不良反应少，局部用药效果也优于甲硝唑。