巧克力囊肿的患者打针治疗时可能带来的副作用，与注射的具体药物有关。如果注射亮丙瑞林，在用药期间患者就有可能出现水肿，胸部胀痛，头痛，血糖代谢异常，甘油三酯升高，血压升高等各种副作用。如果使用的是高活性的孕激素，就有可能出现头疼，头晕，乳房胀痛等各种表现。